長年にわたって全米で絶大な人気を誇ってきたテレビアニメの実写映画版の続編。ミステリー社の４人の探偵とドジな犬一匹が、彼らを陥れようとする何者かの陰謀に立ち向かう。主演は前作に引き続き、フレディ・プリンゼ・Ｊｒ、サラ・ミシェル・ゲラー、マシュー・リラード、リンダ・カーデリニ。監督も同じく「２５年目のキス」のラージャ・ゴスネルが再びメガフォンを取る。日本のパフィーがエンディングテーマに起用されたことも話題に。
怪事件をみごと解決し一躍ヒーローとなったミステリー社の４人と一匹。ところが“犯罪学博物館”でのセレモニーの最中に事件は起きる。展示中のプテロ・ゴーストが突然暴れだし会場は大混乱、そこへ正体不明の仮面男が現われ、すべてミステリー社の責任だと彼らを非難したのだ。この騒動でモンスターを捕り逃したミステリー社の評判はガタ落ち、マスコミの批判に晒される。シャギーとスクービーは汚名をそそごうと、彼らだけで行動を起こす。残ったメンバーも仮面の男の正体を突き止めるため捜査を開始するのだったが…。