かつてない斬新な映像とプロットで全世界を席巻したＳＦハイパー・アクション第３弾にしてシリーズ完結編。様々な謎を残したまま、人類最後の都市ザイオンを死守する反乱軍と仮想現実マトリックスを支配する人工知能の最終決戦が繰り広げられる。2003年11月5日に異例の世界同日同時刻公開を敢行。
昏睡状態に陥り、現実世界と仮想世界の間を彷徨っていたネオ。仲間の助力で現実に戻ってきた彼は、ある決心を固め、トリニティーと２人だけで敵の中枢に向かう。一方、人工知能側は、ザイオンを壊滅させるため、センティネルズの大群で猛攻を仕掛けた。迎え撃つ反乱軍は、圧倒的に不利ながらも、モーフィアスたちの確固とした信念のもとに死闘を展開する。そんな中、エージェント・スミスは、人工知能も制御できないほどのパワーを増幅、完全にプログラムから独立し、人類の命運を賭けるネオとの最終決戦に備えていた…。