犯罪スリラーの傑作「バウンド」で監督デビューを果たしたウォシャウスキー・ブラザースが、ワーナー・ブラザースの資本を得て作り出したのは新感覚のＳＦＸで彩られた重厚かつスタイリッシュな超弩級アクション巨編。ニューヨークの会社でしがないコンピュータプログラマーとして働くトマス・アンダーソンには、裏世界の凄腕ハッカー“ネオ”というもうひとつの顔があった。ある日、“ネオ”はディスプレイに現れた不思議なメッセージに導かれるまま、謎の美女トリニティと出会う。そして彼女の手引きによってある人物と接見する事になった。その人物とは、電脳世界ではもはや伝説と化しているモーフィアスという男。モーフィアスは“ネオ”に告げる。この世界は現実ではない、と……。