ハリウッドでのアメコミ人気の火付け役となったともいえるマーヴェル・コミック原作のＳＦ近未来アクション第２弾。人類との共存を目指すミュータント集団“Ｘ−ＭＥＮ”が再び訪れた最大の危機に立ち向かう。監督は前作に引き続きブライアン・シンガー。パトリック・スチュワート、ヒュー・ジャックマン、ハリー・ベリーら出演陣も再び顔を揃えた。
プロフェッサーＸ率いる“Ｘ−ＭＥＮ”は、人類抹殺計画を企てたマグニートー一味を倒し、マグニートーを牢獄に幽閉。人間との共存による平和が訪れるかに思われた。しかし、人類のミュータントに対する偏見や嫌悪はやがてＸ−ＭＥＮたちにも向けられていく。そんな時、謎のミュータントによる大統領暗殺未遂事件が発生する。これにより、人類はミュータントの脅威に改めて恐れおののき、反ミュータント運動を加速させる結果となる。そして、その運動の先頭には、ミュータントへの生体実験を噂される元陸軍司令官で大富豪のストライカーがいた。